当婴儿患有某些疾病时也会出现厌奶，此为病理性厌奶，需要与生理性厌奶进行区别。婴儿常见的病理性厌奶如下：
慢性疾病
先天性心脏病、代谢性疾病及肿瘤，长期消耗较多热量，但患者却因贫血或血氧不足而食欲减低，这样的婴儿不能诉说哪里不舒服，父母所能观察到的就是脸色不好、活力减低、食欲不振。这些孩子需要长期的医疗照顾，不只针对潜在的疾病，也要提升营养才能正常发育。
急性感染
急性咽喉炎、鹅口疮，造成口腔疼痛，使宝宝食量突然变少。急性呼吸道感染，导致鼻塞，宝宝吸奶时无法换气，也会厌奶。还有急性肠胃炎，尿路感染造成腹痛、发烧，孩子会哭闹不安。
败血症
最严重的厌奶状况，是败血症的婴儿。人体在两岁之前，免疫系统尚未成熟，任何一个部位的感染，例如肺部、中耳或肾脏，由于白血球把关不严，无法将细菌局限在原发部位，细菌可能藉血液循环扩散出去，并发全身性的感染，称为败血症。这时孩子会烦躁不安，或昏昏欲睡，不爱活动、呼吸急促或喘息，体温可能发烧也可能反而低于正常、奶量锐减或呕吐、腹胀。
如果属于病理性厌奶期，那需要即可送医，请医生诊断，治疗。
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