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据媒体报道，一项基因比对研究发现，龟的祖先与鳄及鸟的祖先是近亲，而不是先前认为的蜥蜴和蛇。研究人员说，这一发现破解了动物进化中的一个谜。研究人员之一尼古拉斯·克劳福德说：“我们的结论是，基因故事告诉我们，龟与鸟及鳄关系更亲。”

过去对龟及其他甲壳类爬行动物的研究以解剖学和化石研究为基础，认为龟等甲壳类爬行动物的祖先与蛇、蜥蜴等动物是近亲，因为它们的心脏都有3个心室，因此学界中有人把龟分类入爬行纲鳞龙形下纲的鳞龙超目，有人则在爬行纲下单设。

但基因研究则显示，龟与鳄及鸟的基因相似度更高，应划属爬行纲主龙形下纲的主龙类。主龙类包括已经灭迹的陆地恐龙，鳄属于主龙类下属的鳄目，而鸟也属于主龙类下的一目。